ЭМДЕГ нь 21 аймаг 2 дүүрэгт хэлтэстэй бөгөөд тухайн хэлтсүүдээр дамжуулан ЭМД-тай холбоотой мэдээлэл өгөх , орон нутгийн эрүүл мэндийн байгууллагуудтай гэрээ байгуулах, гэрээний хэрэгжилтэд хяналт тавих, нэхэмжлэлийн нарийвчилсан хяналтыг хийх, нэхэмжлэлийн хяналтын үр дүн, эрүүл мэндийн байгууллагуудад хяналт, шалгалт, чанарын үнэлгээ хийн ажилладаг.

Энэ хүрээнд Өмнөговь, Сүхбаатар, Ховд, Төв аймгийн эрүүл мэндийн даатгалын хэлтсүүд тухайн аймаг, сумдад үйл ажиллагаа явуулж буй гэрээ бүхий лавлагаа болон анхан шатны эрүүл мэндийн байгууллагуудад ЭМДҮЗ-ийн шинээр болон шинэчлэн баталсан /05, 06,10 11, 14/ тогтоолуудыг танилцуулах сургалтыг зохион байгууллаа. 

Мөн гэрээт эрүүл мэндийн байгууллагуудын үйл ажиллагаатай танилцаж, зарим сум, өрхийн эрүүл мэндийн төвийн хамтран ажиллах гэрээг шинэчлэн баталгаажууллаа.