Хяналт, үнэлгээний Үндэсний хороо нь Монгол Улсын Засгийн газрын тухай хуулийн 20 дугаар зүйлийн 5 дахь хэсгийн 5-д заасан эрхлэх асуудлын хүрээнд дараах чиг үүргийг хэрэгжүүлэн ажиллаж байна. Үүнд яам, Засгийн газрын агентлаг, аймаг, нийслэлийн Засаг дарга, тэдгээрийн албан тушаалтан, улсын төсөвт үйлдвэрийн газар, төрийн болон орон нутгийн өмчит хуулийн этгээдийн үйл ажиллагаанд хяналт тавихтай холбоотой хууль тогтоомж, эрх зүйн орчныг сайжруулах санал боловсруулах, хяналт тавих ажилд дэмжлэг үзүүлэх, Төрийн хяналт шалгалтын тухай хуулийн 5.1 дэх хэсэгт заасан хяналт шалгалтын байгууллагаас хэрэгжүүлэх хяналт шалгалтын үйл ажиллагааны уялдааг хангах, төлөвлөгөөт хяналт шалгалтын нэгдсэн төлөвлөгөөг батлах, хэрэгжилтэд хяналт тавих, салбарын хяналт шалгалтын эрх зүйн орчныг сайжруулах талаар санал боловсруулж, Засгийн газарт танилцуулах, хяналт, үнэлгээний талаар баримтлах бодлого болон холбогдох төсөл, хөтөлбөр, төлөвлөгөө, Үндэсний хорооны шийдвэрийн хэрэгжилтэд хяналт тавих ажлыг зохион байгуулах, хяналт, үнэлгээг хөгжүүлэх үйл ажиллагаанд олон нийт, иргэний нийгмийн байгууллага, хувийн хэвшил болон иргэдийн оролцоог хангах, олон улсын үнэлгээний байгууллагуудтай харилцах, тэдгээрээс гаргасан дүгнэлт, зөвлөмжид дүн шинжилгээ хийх, хэрэгжилтийг хангуулах ажлыг зохион байгуулах зэрэг болно.