Засгийн газрын агентлагийн эрх зүйн байдлын тухай хуулийн 8 дугаар зүйлийн 8.3.1, 8.3.4, 8.4 дэх хэсэг, Төсвийн тухай хуулийн 16 дугаар зүйлийн 16.5.3 дахь заалт, Монгол Улсын Засгийн газрын 2019 оны 276 дугаар тогтоол, 2022 оны 487 дугаар тогтоолуудыг тус тус үндэслэн Монгол Улсын Шадар сайдын 2025 оны 05 дугаар тушаалаар Төрийн худалдан авах ажиллагааны газрын “Стратеги, зохион байгуулалтын бүтцийн өөрчлөлтийн хөтөлбөр, зохион байгуулалтын бүтэц"-ийг шинэчлэн баталсан. Монгол Улсын Шадар сайдын 2025 оны 05 дугаар тушаалын хоёрдугаар хавсралтаар баталсны дагуу Төрийн захиргаа, удирдлагын газар, Ерөнхий гэрээ, мэдээллийн технологийн газар, Худалдан авах ажиллагаа зохион байгуулах газар, Захиргааны хэлтэс, Хууль, эрх зүйн хэлтэс, Ажил худалдан авах хэлтэс, Бараа, үйлчилгээ худалдан авах хэлтэс, Эрх шилжүүлсэн төсөл, арга хэмжээний хэлтэс, Мэдээллийн технологийн хэлтэс, Хяналт-шинжилгээ, үнэлгээний хэлтэс гэсэн 3 газар, 7 хэлтэстэйгээр үйл ажиллагаа явуулж байна.