Шүүх шинжилгээний байгууллага нь Дотоод явдлын яамны Сайдын 1944 оны 01 дүгээр сарын 12-ны өдрийн 14 дүгээр тушаалаар "Шинжлэн магадлах техникийн 4 дүгээр тасаг" нэртэй анх байгуулагдан 2005 оныг хүртэлх хугацаанд Цагдаагийн байгууллагын бүтцийн нэгжээр ажиллаж байсан бөгөөд Монгол Улсын Засгийн газрын 2005 оны 03 дугаар сарын 23-ны өдрийн 63 дугаар тогтоолоор Эрүүл мэндийн яамны харьяа "Шүүх эмнэлгийн магадлах төв", Сангийн сайдын дэргэдэх "Шүүх нягтлан бодох бүртгэлийн магадлах товчоо", Цагдаагийн ерөнхий газрын "Шинжилгээний хүрээлэн"-г нэгтгэн Хууль зүй, дотоод хэргийн сайдын эрхлэх асуудлын хүрээнд Шүүхийн шинжилгээний үндэсний төвийг байгуулсан.