Аймгийн боловсролын судалгаа аргазүйн байгууллагын нэр, ажлын хүрээ чиг үүрэг нь нийгэм улс төрийн тогтолцооны өөрчлөлттэй холбоотойгоор хэд хэдэн удаа өөрчлөгдөж байжээ. 1991-1999 онд Судалгаа аргазүйн төв, 1994 оноос Боловсрол төв, 1998 оноос Боловсрол соёлын төв, нэртэйгээр Л. Дэмбэрэл даргаар удирдуулан 9 аргазүйчийн бүрэлдэхүүнтэйгээр Монголын боловсролын хөгжлийг дэлхийн боловсролын хөгжилтэй нийцүүлэн хөгжүүлэх зорилгоор боловсролын системийн бүтэц, тогтолцоог өөрчлөх, багш нарын заах арга ур чадварыг сайжруулах, сургалтын шинэ программ стандарт хэрэгжүүлэх гээд орвонгоор нь өөрчлөлт шинэчлэл хийх үе эхэлсэн. 1999-2002 онд Л.Нэмэхбаатар даргаар удирдуулан хөдөөгийн сум сургуулиудад зөвлөн туслах, Данида, Соросын сангийн төслийн хүрээнд сургалтууд хийх, багш нарын аргазүйг өөрчлөн сайжруулах ажлууд эрчимтэй өрнөж байсан. 2003 оноос Боловсролын тухай хуульд гарсан нэмэлт өөрчлөлтөөр Боловсрол соёлын газар болж 2002-2011 онд Ж.Эрдэнэ даргатайгаар төрийн захиргааны чиг үүргийг хэрэгжүүлж, сургууль, цэцэрлэг, соёл урлагийн байгууллагуудад арга зүйн туслалцаа үзүүлэх үүрэгтэй, 20 гаруй ажилтан ажиллагсадтайгаар үйл ажиллагаагаа явуулж эхэлсэн. 2012-2014, 2016-2020 онд Р.Батмөнх, 2015-2016 онд М.Сурахбаяр, 2020-2021 онд Т.Эрхэмбаяр гэсэн дарга нараар удирдуулж 18-20 хүний бүрэлдэхүүнтэйгээр салбарын хэмжээний бодлого зохицуулалт хийх, төсвийн төлөвлөлт, зарцуулалтыг тайлагнах, гадаад дотоодын төсөл хөтөлбөрийн байгууллагатай харилцах зэрэг олон талт үйл ажиллагаа явуулдаг биеэ даасан томоохон байгууллага болж өргөжсөн. 2021-2024 онд Ж.Амгаланбаатар даргатайгаар Боловсрол, шинжлэх ухааны газар нэртэйгээр 22 хүний бүрэлдэхүүнтэй үйл ажиллагаа явуулж байсан бол 2024 оны 6 сараас Д.Энхцэцэг даргатай Боловсролын газар болж 19 хүний бүрэлдэхүүнтэйгээр ажиллаж байна.