Баян-Өлгий аймгийн Эрүүл мэндийн газар нь тус аймгийн нутаг дэвсгэрийн хэмжээнд үйл ажиллагаа явуулж байгаа улсын болон хувийн хэвшлийн эрүүл мэндийн байгууллагуудын эмнэлгийн тусламж, үйлчилгээний чанар хүртээмжийг сайжруулах, эмнэлзүйн стандарт, удирдамжийн хэрэгжилтийг хангахад удирдлага, мэргэжил аргазүйгээр хангах, хянах үндсэн үүрэг бүхий Баян-өлгий аймгийн Засаг даргын хэрэгжүүлэгч агентлаг юм. Баян-Өлгий аймагт хүн амд үзүүлэх эрүүл мэндийн тусламж үйлчилгээний чанар хүртээмжийг нэмэгдүүлэх, Монгол Улсын Засгийн газар, Аймгийн Засаг даргын мөрийн хөтөлбөрт тусгагдсан эрүүл мэндийн талаархи зорилт чиг үүргийг хэрэгжүүлэх, хүн амыг өвчин эмгэгээс урьдчилан сэргийлэх, иргэдийн эрүүл мэндийн дэмжихэд эрүүл амьдралын зөв дадлыг хэвшүүлэх, өвчнийг эрт үед нь илрүүлж, урьдчилан сэргийлэх, эмнэлгийн анхан шатны тусламж үйлчилгээг цаг алдахгүй хүргэхэд дэлхийн жишиг, иргэдийн хэрэгцээ шаардлагад нийцүүлэн зөв, оновчтой бодлогоор хөгжүүлэх тал дээр онцгой анхааран ажиллаж байна.