Монгол улсын засгийн газрын мөрийн хөтөлбөрт тусгагдсаны дагуу "Хүүхдийн төв номын сан" нь БСШУ-ны сайдын 2002 оны 370 дугаар тоот тушаалаар Үндэсний төв номын сангийн харьяанд 2003 оны тавдугаар сарын 09-ний өдөр 8 уншлагын танхим, 18 ажилтан, албан хаагчидтай үйл ажиллагаагаа явуулж эхэлсэн түүхтэй. Хүүхэд залуучуудын номын сангийн сан хөмрөгийн бүрдүүлэлт, уншигчдын онцлог байдлыг харгалзан үзэж Монгол улсын засгийн газар 2004 оны 196 дугаар тогтоолоороо 2005 оны хоёрдугаар сарын 01-ээс “Хүүхдийн номын ордон” төсөвт байгууллага болгон өргөжүүлснээр Монгол улсад бие даасан хүүхдийн номын сан бий болсон түүхтэй. Монгол улсын засгийн газрын 2015 оны зургаадугаар сарын 29-ний өдрийн 266 дугаар тогтоолоор “Хүүхдийн номын ордон” гэснийг “Хүүхдийн төв номын сан” гэж өөрчилсөн. Хүүхдийн төв номын сан нь өдгөө Захиргаа, аж ахуй, Мэдээлэл, технологи арга зүй, Уншлага үйлчилгээ, Фонд хадгаламж гэсэн 4 хэлтэс, 32 ажилтан албан хаагчтайгаар номын сангийн үйлчилгээг үзүүлж байна. Хүүхдийн төв номын сан нь монгол, англи, герман, орос, хятад болон бусад хэлээр хэвлэгдсэн 90 гаруй мянган ном, хэвлэмэл бус материал, сурах бичиг, тогтмол хэвлэлийн сан хөмрөгтэй.