2008 онд Монгол Улсын Засгийн Газрын 129 тоот тогтоолоор Үндэсний Түүхийн музейг Улс, орон нутгийн музейг мэргэжил арга зүйн удирдлагаар хангадаг эрдэм шинжилгээ судалгааны төв, “Монголын Үндэсний Музей” болгон чиг үүргийг өөрчилсөн. Соёлын яам байгуулагдсанаас хойш 2021 онд “Музейн тухайн хууль”, “Соёлын өвийг хамгаалах тухай хууль”-иуд шинэчлэн батлагдсантай холбогдуулан Монголын Үндэсний музей үзэл баримтлалаа шинэчлэн, үзүүллэг дэглэлтийн төлөвлөгөөг боловсруулан 2022 оны 6 дугаар сарын 14-ний өдөр Соёлын сайдаар батлуулан ажиллаж байна. Тус үзэл баримтлалд “Монголын Үндэсний музей” нь Улс, орон нутгийн музейг арга зүйгээр хангадаг эрдэм шинжилгээ, судалгааны төв байгууллага буюу тэргүүлэх зэргийн Музей байна гэж батлуулсан.